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【ChIP-seq】染色質制備-超聲破碎Buffer的選擇

作者:admin信息來源:達科為日期:2020年08月28日打印字體:  
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圖1.ChIP實驗原理圖


ChIP-Seq技術是將ChIP與第二代測序技術相結合,能夠高效地在全基因組范圍內檢測與組蛋白、轉錄因子、輔助因子等互作的DNA區段。

ChIP-Seq原理


首先通過染色質免疫共沉淀技術(ChIP)特異性地富集目的蛋白結合的DNA片段,并對其進行純化與文庫構建;然后對富集得到的DNA片段進行高通量測序。通過將獲得的數百萬條序列標簽精確定位到基因組上,從而獲得全基因組范圍內與組蛋白、轉錄因子等互作的DNA區段信息。


圖2.ChIP-seq實驗流程圖

ChIP-seq實驗方案


01.

交聯


交聯通常利用甲醛來交聯,甲醛交聯DNA-蛋白質連接是可逆的。但甲醛通常不能有效地使未與DNA直接結合的蛋白質交聯。例如,轉錄因子或輔因子先通過蛋白質-蛋白質相互作用再與DNA相互作用,而甲醛不能很好地使他們穩定交聯。對于這樣更復雜的交聯或動態相互作用的復合物交聯,應考慮使用其他交聯劑來有效地穩定蛋白質。Diagenode的ChIPCross-link Gold與甲醛結合使用,是進行錄因子或輔因子這種DNA-蛋白質相互作用的最佳選擇。

02.

超聲破碎


染色質制備是ChIP實驗成功的中的關鍵。染色質制備的每個步驟(樣本起始量,交聯,細胞裂解、染色質片段化)都需要進行優化,以獲得適合ChIP實驗的染色質樣本。高質量的染色質樣本具有兩個特征:合適的片段大小和易于識別的ChIP表位。

Diagenode提供染色質制備解決方案,Chromatin EasyShear試劑盒與Bioruptor超聲破碎儀結合使用,可以有效裂解細胞并對染色質進行片段化,同時使表位易于被抗體識別,這對于高效完成染色質免疫沉淀至關重要。每個Chromatin EasyShear試劑盒都會根據特定實驗需求提供優化的試劑和經過充分驗證的實驗方案。

Chromatin EasyShear Kit技術特點:

  • 經Bioruptor驗證的高度優化的染色質制備方案;

  • 推薦用于在ChIP之前優化新細胞系/新樣品類型的染色質片段化;

  • 在ChIP之前制備染色質的理想選擇;

  • 試劑盒已通過ChIP-seq驗證,證實可獲得高質量的的染色質;

染色質制備是ChIP分析的第一步。我們為ChIP-seq實驗提供完整和優化的解決方案,其中包括用于染色質制備的所有緩沖液。為了獲得最佳結果,請選擇所需的ChIP試劑盒,然后選擇相應的Chromatin EasyShear試劑盒(以優化染色質片段化)。Chromatin EasyShear試劑盒可以獨立于Diagenode的ChIP試劑盒使用,用于在ChIP實驗之前進行染色質制備。



下期精彩預告:

【ChIP-seq】免疫沉淀-ChIP/ChIP-seq級別抗體選擇


Diagenode公司2003年成立于比利時,是世界上生產表觀遺傳學產品的知名公司。是表觀遺傳學及二代、三代測序樣本前處理專家,表觀遺傳學、生物樣本制備和診斷、完整表觀遺傳學解決方案的領先供應商。

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